在线生物网站大调查

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2017年10月,Agnes等大神收集近23年NCBI Pubmed记录的生物学网站相关文献,并对相应网站进行了详细的调查研究,发现了一些非常有趣的现象。timg.png

  1. 95%的生物网站在2年后就无法访问或使用

  2. 在线分析工具与网站可以为助力高分文章发表

  3. 持续维护或更新能为文章贡献更多的引用率

  4. 云服务大行其道的时代下,DIY专属网站对机构的知识传承与研究的便捷提供可能


在线生物网站一般分为如下几类:

I、基础生物数据库

最典型的是生物学三大数据库:NCBI、DDBJ、EBI,除了数据查询与存储,还包含各类在线分析工具,其庞大的花费只有国家才能负担。

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II、物种基因组数据库

基因组数据库相当于一个物种的官网,关心该物种的科学家可以通过访问网站了解物种信息、科研进展、做blast等简单分析、下载基因组数据,基因组数据库最核心的模块是基因组浏览器,可视化查看基因结构、变异位点、基因表达等信息。

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III、特殊分析平台

该类网站包含多种功能,例如:转录因子分析、比较基因组学、基因表达、基因特征和结构、蛋白质结构和功能等等

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针对II和III,敬请期待以后的专辑介绍和分析高级.gif


现状与问题


1.生物网站文章的投稿杂志介绍

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(a)单纯的在线网站常发在《Nucleic Acid Research》、《Bioinformatics》等杂志,影响力中等偏上

(b)物种基因组平台经常与基因组文章一起发表,该类型拥有非常高的引用率


2. 数量不断增加。

尤其是2003年以后各类组学(二代测序、蛋白组、代谢组等)技术突飞猛进,在线生物数据分析平台与网站不断增加,达到+150个/年。其中,欧洲(德法)、北美(美国)、亚洲(中国)是主要的贡献者。

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3. 老的网站大规模失去维护,已经无法使用,新的网站活跃度较高。2005年左右出现了一大波失维的在线分析工具,与技术革命密切相关。

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4. 活跃网站在各个杂志中的比例相对接近,与杂志水平高低没有直接关系。这个发现非常意外,一般认为高IF的文章影响力较大,研究人员使用的频率会更高,也会让开发者有更多的资源维护网站。事实上,这个理解无法得到数据支持。

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5. Online在线网站是国际生物数据分享与分析的主流类型,而且随着时间的发展,该趋势越来越明显

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6. 持续维护的网站会有更多的引用率。目前,越来越多的生物学研究者从追求高IF文章转到更高的引用率,这是一个好现象。因为如果没人引用,说明研究成果无法被同行承认,价值得不到体现。持续的网站维护可以为更多人的提供科研帮助,因此享受到更高的引用率也是理所应当。

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VG团队介绍

团队成立于2015年1月,专业从事生物医药领域, 提供领先的 IT 解决方案。专注于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算在生命科学研究和人类健康领域的应用, 致力于成为全国领先的数据分析和数据管理服务提供者。

面对如此火热的发展趋势,VG团队推出针对性的数据库搭建服务,帮助科研工作者利用手头的数据搭建相关的数据库平台,不仅仅能方便自己和他人去挖掘数据,产出成果和引用,也能够牢牢把握住研究方向的领先地位。

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参考文献

doi: 10.1093/bib/bbx159