分箱的定义
分箱（binning）指从微生物群体序列中将不同个体的序列(reads或contigs等)分离开来的过程。其扩展定义为，从群体序列中重新构建群体成员个体基因组的过程。但也有人将分箱定义为将微生物群体序列与产生这些序列的物种（或者更高一级生物分类单元）关联起来的过程，准确来说，该定义的分箱是一种特殊形式（taxonomic binning/profiling/assignment），多了个体的生物分类信息。
分箱的对象
分箱的对象可以是reads、contigs、scaffolds、基因四个特征单元的任意一个，但一般情况下很少对基因进行分箱，对contigs和scaffolds的分箱不加以区别。因此，分箱按照分箱对象的不同可以分为两类，一种是直接对环境样品测序产生的reads进行分箱的方法，另一种则是对环境样品序列的拼接结果进行分析分箱的方法。前者可以避免拼接过程中出现的错误拼接序列（misassembly）或者嵌合体序列(chimeric)的产生，但二代测序的短读长会直接导致序列比对过程中出现歧义。
分箱的原理
与已知物种信息序列的相似性；群体序列的组成成分的相似性；群体序列的测序覆盖度。
以下是使用分箱方法的一种宏基因组数据分析流程：
什么是MyCC？
MyCC是使用基因组序列特征和标记基因信息对宏基因组的contigs进行自动聚类的精准分箱方法。
MyCC的安装
MyCC的运行可行通过三个途径，分别是通过虚拟机软件MyCC.ova，Docker引擎加载镜像，下载Tool安装包在Linux目录下安装。
官方软件下载地址：https://sourceforge.net/projects/sb2nhri/files/MyCC/
1, MyCC.ova
Use VirtualBox(https://www.virtualbox.org/) or VMware(http://www.vmware.com/tw) to import MyCC.ova.
2, Docker Image 990210oliver/mycc.docker:v1
Use docker to pull docker image and run.
3, Tools.zip
以上三个方法，我都尝试过。
方法1，我在本地计算机使用VitualBox导入MyCC.ova的，其默认的内存为8000M，但我计算机自身只有4096M的（4G）内存。所以我只分配了2000M，最后运行我的样品数据时因为内存不够，程序结束后只有log文件。
方法2，要动用服务器的Root权限去安装。具体安装步骤如下：
方法3，会出现下面这种错误，应该是我没有把软件安装好吧，但是相关依赖的python包比较多，而且是需要2.7版本的，服务器本身又是低许多。所以我放弃了这种方法，如下。（只能说我太弱了~）
MyCC的学习
该软件关于如何具体使用在其说明文档上写得很清楚，而且是图文并茂，非常易懂。
以下是我的说明书学习笔记。
说明文档：
http://jaist.dl.sourceforge.net/project/sb2nhri/MyCC/manual%20of%20MyCC.pdf
发表文章软件流程图 ：
我想参考比对文件可以用MEGAN分类注释产生~~
MyCC.py 10s.fasta -a 10s.depth.txt
