代谢流分析工具-CellNetAnalyzer

有听说过CellNetAnalyzer吗?直翻过来,就是细胞网络分析工具,它的前身大家可能听说过,就是FluxAnalyzer。

CellNetAnalyzer是一个典型的代谢流分析工具(也有其他的用处),可以进行1.代谢流的计算,预测

2.目标函数的优化

3.端途径分析

4.元素模式分析

5.代谢流之间的对比

6.等等。。。

可以基本满足研究一个中型代谢网络的结构尤其是计算流分配的要求。

如何获得软件?
      可以在相关网站上下载,作者声称商业收价,学术免费。(小编发现小木虫上就有资源~嘿嘿)

软件的安装:
      CellNetAnalyzer是MATLAB的一个工具,需要在MATLAB里面运行,这样有助于应用大量的matlab工具。因此需要将这个软件放在MATLAB安装文件夹内,比如:c:\programfile\matlab71\work\ CellNetAnalyzer ,然后在matlab中切换到CellNetAnalyzer文件夹,即可运行。

(当然,扩展matlab的搜索路径或许也可以)

软件的运行:
       在matlab窗口中的“startup”或者”startcna” ,就启动软件了。

(如果出现找不到函数或变量的错误,就是你的CellNetAnalyzer目录的问题,改变或者切换一下目录就好了)

软件的使用:
      软件使用的前期工作---网络的构建是有一点麻烦的,不过依旧很容易,这或许也是使用任何一个软件不可避免的工作。当然,里面刚进去就有好多网络工程 “project”的示例,你可以start一个简单的网络模型,摸索一下各个功能。

网络工程的创建
      在最开始读文献的时候,它说“CAN可以让你从外部任意导入自己的网络图”,我惊呆了,这么简单?这不是很方便,直接把我们的网络图导入它就能分析了呀!后来想了一下,不可能,电脑没这个能力能够识别图片上的内容并且进行分析运算。所以导入一个网络图进来不是给电脑读的,而是给我们人看得,对于电脑,这个图只是一个背景。对于我们是为了构建网络的时候直观一些.。当然如果你的抽象空间思维超腻害的话,你导入一张白纸也能照样编辑。

      直接运行后就会出现一个小的工程面板,里面是一些sample,你要创建自己的网络,单击“project” 后选“new”就会出现一个对话框,你要给它起名字,关键的就是找一个图给它。

      然后呢,我们创建的网络工程也会出现在这个工程面板中,start我们的工程,就会出现你给它找的一张图了,然后就是点击右上角的CellNetAnalyzer 弹出下拉框,选中Nework composer,就可以创建网络了。你要new代谢物,new反应,给他们起名字,要知道这些东西才是电脑识别的东西。

这个地方有3点需要注意:
1.要注意某个代谢物是否胞外,是的话选中下面的External metabolite选框。
2.构建反应方程式的时候,物质的象征名与运算符之间要用空格隔开,否则会出现找不到specie的错误。
3.反应编辑时要加入关联的文本框,你点击Get x/y pos会出现一个选择十字线,你点击什么地方,就在那个地方添加了一个文本框,以后在这个文本框中的数据都是和这个反应关联的。构建完成后保存,基础工作就OK了。  

      关于网络的构建,你也可以利用它里面的示例模板,然后修改,但是估计实际应用性可能不大。

网络的软件分析
      运行我们的构建网络工程,然后给随便我们的网络输入一些数据(在文本框中),同样是点击CellNetAnalyzer,在下拉框中随便选择某个函数你试着用一下,就明白了。

这个基于MatLab的代谢网络和信号传导网络分析模块就介绍到这里了,大部分论文中的代谢网络分析都是或明或暗的用这个分析的,大家可以去小木虫下载一个来用。