merge eXpress estimates(合并多个样品eXpress表达量计算结果,得到cou

分析模块,输入多个样品基因水平、或转录本水平的eXpress表达量计算结果(由分析模块“eXpress: Align and Estimate Abundance”生成),合并所有样品的表达量计算结果,生成对应的片段计数矩阵(Count Matrix)、FPKM矩阵(FPKM Matrix)、和TPM矩阵(TPM Matrix)。矩阵结果可用于后续的差异表达分析、热图分析、PCA分析、相关性分析等。

注意:输入的eXpress结果文件,要么所有样品均输入基因水平的表达量计算结果文件,或所有样品均输入转录本水平的表达量计算结果文件。


输入:


多个样品的eXpress表达量计算结果文件,由分析模块“eXpress: Align and Estimate Abundance”生成。

设置对应样品的样品名称。


输出:


1、片段计数矩阵(Count Matrix)。

     

2、FPKM矩阵(FPKM Matrix)。


3、TPM矩阵(TPM Matrix


矩阵示例如下所示,每一行代表一个基因或转录本,每一列代表一个样品。其中的数值为,对应样品对应基因或转录本的表达量信息。

        ds_rep1a  hs_rep1b  log_rep1c plat_rep1d

comp703_c2_seq1   11.00        0.00 0.00 5.00

comp347_c0_seq1   0.00 0.00 0.00 0.00

comp1022_c0_seq1 3.00 0.00 0.00 0.00

comp1586_c0_seq1 0.00 0.00 0.00 0.00

comp712_c0_seq1   0.00 0.00 1.00 0.00