Plot Differential Features(LEfSe丰度差异bar图)

析模块根据,输入的LEFSe输入配置文件(可由分析模块 "LEfSe formatting" 生成)和LEfSe分析结果文件(可由分析模块 "LDA Effect Size Analysis" 生成),输出生物标记在不同的class and subclass中的丰度信息柱状图。

输入:

LEFSe输入配置文件,由分析模块 " LEfSe formatting " 生成。

示例:

(dp0

S'class_sl'

p1

(dp2

S'group1'

p3

(I0

I6

tp4

……

LEfSe分析结果文件,由分析模块 "LDA Effect Size (LEfSe) Analysis" 生成。

示例:

Bacteria.Proteobacteria.Gammaproteobacteria.Xanthomonadales.Xanthomonadaceae.uncultured         2.68312887812                           -

Bacteria.Proteobacteria.Deltaproteobacteria.Other.Other  1.85891701716                           -

Bacteria.Proteobacteria.Gammaproteobacteria.Alteromonadales.Alteromonadaceae.Microbulbifer         1.6992306602                    -

Bacteria.Actinobacteria.Actinobacteria.Coriobacteriales.Coriobacteriaceae     1.50716979432                           -

Bacteria.Firmicutes.Bacilli.Lactobacillales.Streptococcaceae    4.49538844082                           -

Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Rhodospirillales.Acetobacteraceae.Asaia   2.35481798006                           -

Bacteria.Actinobacteria.Actinobacteria.Euzebyales 2.40774094392                           -

Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Rhizobiales.Brucellaceae.Ochrobactrum    2.29714435148                           -

Bacteria.Proteobacteria.Gammaproteobacteria.Alteromonadales.Alteromonadaceae.Bowmanella 1.22209491958                           -

Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Sphingomonadales.Erythrobacteraceae.Altererythrobacter         3.83652245852         group2      3.52018467771        0.0155342815979

Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Rhizobiales.Aurantimonadaceae.Aureimonas    3.2768800052 group1         3.09039548249        0.00829921599528

输出:

所有生物标记在不同的class and subclass中的丰度信息柱状图。其中实线为subclass的丰度信息平均值,虚线为subclass的中值。

如果,在分析模块 "LEfSe formatting" 中不提供subclass分组信息,则subclass分组信息与class分组相同。具体参考分析模块 "LEfSe formatting" 的帮助文档。

分析模块引用了LEfSEv1.0)软件 ( https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse)

相关文献如下所示:

Chenhong Zhang, Shoufeng Li, Liu Yang, et al. Structural modulation of gut microbiota in life-long calorie-restricted mice. NATURE COMMUNICATIONS,4:2163,DOI:10.1038/ncomms3163(2013).

Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.