Plot Cladogram(LEfSe可视化圈图)

分析模块根据LEfSe的显著性分析结果和对应的分类学层级关系,生成进化分支图。

输入:

LEfSe分析结果文件,由分析模块 "LDA Effect Size (LEfSe) Analysis" 生成。

示例:

Bacteria.Proteobacteria.Deltaproteobacteria.Other.Other  0.0                      -

Bacteria.Proteobacteria.Gammaproteobacteria.Alteromonadales.Alteromonadaceae.Microbulbifer         0.0                      -

Bacteria.Firmicutes.Bacilli.Lactobacillales.Streptococcaceae    0.0                      0.0209213353378

Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Rhodospirillales.Acetobacteraceae.Asaia   0.0                      -

输出:

Plot Cladogram图为聚类树,红色区域和绿色区域表示不同分组,树枝中红色节点表示在红色组别中起到重要作用的微生物类群,绿色节点表示在绿色组别中起到重要作用的微生物类群,黄色节点表示的是在两组中均没有起到重要作用的微生物类群。图中英文字母表示的物种名称在右侧图例中进行展示。

分析模块引用了LEfSE[2]v1.0)软件 ( https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse)

相关文献如下所示:

Chenhong Zhang, Shoufeng Li, Liu Yang, et al. Structural modulation of gut microbiota in life-long calorie-restricted mice. NATURE COMMUNICATIONS,4:2163,DOI:10.1038/ncomms3163(2013).

Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.