Plot LEfSe Results(LEfSe LDA作图)

分析模块根据LEfSe分析结果,对找到的生物标记物(feature)进行作图,作图时,根据effect size进行排序,同时用颜色标识均值最高的分组。

输入:

LEfSe分析结果文件,由分析模块 "LDA Effect Size (LEfSe) Analysis" 生成。

示例:

Bacteria.Proteobacteria.Deltaproteobacteria.Other.Other  0.0                      -

Bacteria.Proteobacteria.Gammaproteobacteria.Alteromonadales.Alteromonadaceae.Microbulbifer         0.0                      -

Bacteria.Firmicutes.Bacilli.Lactobacillales.Streptococcaceae    0.0                      0.0209213353378

Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Rhodospirillales.Acetobacteraceae.Asaia   0.0                      -

输出:

Plot LEfSe Result图为统计两个组别当中有显著作用的微生物类群通过LDA分析(线性回归分析)后获得的LDA分值。



分析模块引用了LEfSEv1.0)软件 ( https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse)

相关文献如下所示:

Chenhong Zhang, Shoufeng Li, Liu Yang, et al. Structural modulation of gut microbiota in life-long calorie-restricted mice. NATURE COMMUNICATIONS,4:2163,DOI:10.1038/ncomms3163(2013).

Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.