Anova Test(Anova检验)

分析模块根据,输入的样品分组信息表和OTU Table数据文件,采用ANOVA检验进行所有分组之间的丰度差异检验。ANOVA(Ananalysisofvariance)可用于检验多组样本的均值是否相同,通过此分析可以比较物种在3组或3

以上样本组中的分布是否存在显著性差异。


输入:


OTU Table文件:

OTU ID     Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU1        0       0       0       0       0       6       34     104  367  254

OTU2        52     335  18     49     0       0       0       0       0       0

OTU3        0       0       0       0       5       0       0       0       0       0

OTU4        12     14     0       16     0       0       0       0       0       0

OTU5        2       0       0       0       0       0       0       0       0       0

OTU6        2       2       13     2       1       3       0       0       1       1

OTU7        0       0       0       0       143  256  97     82     147  145

OTU8        0       0       0       0       3       3       0       0       0       0

OTU9        0       0       0       0       0       40     7       3       2       0

OTU10      0       0       0       0       5       9       0       0       0       0

……


样品分组信息表:

!!注:保证每个分组包含的样品数量不少于2(>=2),即每个分组都需要有重复样。

Bio1          group1

Bio2          group1

Bio3          group1

Bio4          group1

Bio5          group2

Bio6          group2

Bio7          group2

Bio8          group3

Bio9          group3

Bio10        group3


输出:


所有组ANOVA结果文件:

OTU ID     mean(group1)  stderr(group1)   mean(group2)  stderr(group2)   mean(group3)  stderr(group3)   p_value    q_value

OTU1        0.000000          0.000000          0.000532          0.000435          0.006711          0.001926          0.004142 0.005380

OTU2        0.003412          0.002356          0.000000          0.000000          0.000000          0.000000          0.293541 0.011826

OTU3        0.000000          0.000000          0.000056          0.000056          0.000000          0.000000          0.349810 0.011826

OTU4        0.000291          0.000102          0.000000          0.000000          0.000000          0.000000          0.033512 0.011826

OTU5        0.000013          0.000013          0.000000          0.000000          0.000000          0.000000          0.528282 0.014158

OTU6        0.000146          0.000091          0.000044          0.000029          0.000019          0.000010          0.390559 0.012502

OTU7        0.000000          0.000000          0.005763          0.001406          0.003526          0.000689          0.003508 0.004784

OTU8        0.000000          0.000000          0.000067          0.000033          0.000000          0.000000          0.046694 0.011826

OTU9        0.000000          0.000000          0.000540          0.000405          0.000044          0.000024          0.201527 0.011826

OTU10      0.000000          0.000000          0.000156          0.000087          0.000000          0.000000          0.071530 0.011826



分析模块引用R语言(v3.2.3中的anova函数进行分析


相关文献如下所示:

Chambers, J. M. and Hastie, T. J. (1992) Statistical Models in S, Wadsworth & Brooks/Cole.