Wilcoxon Test(秩和检验)

分析模块根据,输入的样品分组信息表和OTU Table数据文件,采用Wilcoxon秩和检验进行各分组之间的丰度差异检验。Wilcoxonrank-sumtest,也叫曼-惠特尼U检验(Mann–WhitneyUtest),是两组独立样本非参数检验的一种方法。其原假设为两组独立样本来自的两总体分布无显著差异,通过对两组样本平均秩的研究来实现判断两总体的分布是否存在差异,该分析可以对两组样品的物种进行显著性差异分析,并对p值计算q值。


输入:


OTU Table文件:

OTU ID     Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU1        0      0      0      0      0       6      34    104   367  254

OTU2        52    335  18    49    0       0      0       0      0      0

OTU3        0      0      0      0      5       0      0       0      0      0

OTU4        12    14    0      16    0       0      0       0      0      0

OTU5        2      0      0      0      0       0      0       0      0      0

OTU6        2      2      13    2      1       3      0       0      1      1

OTU7        0      0      0      0      143   256  97     82    147  145

OTU8        0      0      0      0      3       3      0       0      0      0

OTU9        0      0      0      0      0       40    7       3      2      0

OTU10      0      0      0      0      5       9      0       0      0      0

……


样品分组信息表:

!!注:保证每个分组包含的样品数量不少于2(>=2),即每个分组都需要有重复样。

Bio1          group1

Bio2          group1

Bio3          group1

Bio4          group1

Bio5          group1

Bio6          group2

Bio7          group2

Bio8          group2

Bio9          group2

Bio10        group2


输出:

组间丰度差异分析结果:

OTU ID     mean(group1)  stderr(group1)   mean(group2)  stderr(group2)   p-value     q-value

OTU1        0.000000           0.000000           0.000532           0.000435           0.122745           0.047010

OTU2        0.003412           0.002356           0.000000           0.000000           0.043597           0.047010

OTU3        0.000000           0.000000           0.000056           0.000056           0.386476           0.079755

OTU4        0.000291           0.000102           0.000000           0.000000           0.118670           0.047010

OTU5        0.000013           0.000013           0.000000           0.000000           0.563703           0.105719

OTU6        0.000146           0.000091           0.000044           0.000029           0.400000           0.081668

OTU7        0.000000           0.000000           0.005763           0.001406           0.031911           0.047010

OTU8        0.000000           0.000000           0.000067           0.000033           0.122745           0.047010

OTU9        0.000000           0.000000           0.000540           0.000405           0.122745           0.047010

OTU10      0.000000           0.000000           0.000156           0.000087           0.122745           0.047010

……


注:本模块有一个可供选择的参数,如下:

可选择Yes或No,表示在秩和检验中,是否对P值的计算采用连续性修正。



分析模块引用R语言(v3.2.3)中的wilcox.test函数进行分析。


相关文献如下所示:

David F. Bauer (1972), Constructing confidence sets using rank statistics. Journal of the American Statistical Association 67, 687–690.

Myles Hollander and Douglas A. Wolfe (1973), Nonparametric Statistical Methods. New York: John Wiley & Sons. Pages 27–33 (one-sample), 68–75 (two-sample).Or second edition (1999).