H Cluster Bar Plot(样本聚类树与柱状图组合分析)

样本聚类树与柱状图组合分析

输入:

OTU Table文件:

OTU ID    Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU1        0       0       0       0       0       6       34     104  367  254

OTU2        52     335  18     49     0       0       0       0       0       0

OTU3        0       0       0       0       5       0       0       0       0       0

Species Table文件,由分析模块 "Summary the representation of taxonomic groups" 生成。

OTU ID    Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

Bowmanella     0       0       0       0       0       0.000100056698796        0       0       0       0

Brachybacterium      0.00296795613461 3.12314563228e-005       0.000129236535168        0       3.33555703803e-005       0       0         0       2.47163795447e-005       0

Bradyrhizobiaceae_uncultured          0       0.000437240388519        0       0.00058191821404 0.000100066711141        0         0.00073852213515 0       0.000123581897724        0.000289342549429

Bradyrhizobium        7.5456511897e-005          0       0.000129236535168        2.64508279109e-005       0.000233488992662         0.00116732815262 0.00488245189349 0.00122491021965 0.00222447415903 0.00755505545732

Brevundimonas         0.00980934654661 0.00571535650707 0.00129236535168 0.000396762418664        0.000200133422282         0.00123403261848 0.000902638165183        0.000528938503939        0.000593193109073        0.00234688956759

Bryobacter        0       0       0       0       0.000466977985324        6.6704465864e-005          0       0       0       0

其他参数默认。

输出:

样本聚类树与柱状图组合分析图:

注:左边是样本间基于群落组成的层次聚类分析(bray-curtis算法),右边是样本的群落结构柱状图。左侧是相似度树状图,样本之间的差异越小,样本便会处在相近的同一分支上;右侧柱状图,展示样本中微生物的群落结构。不同颜色代表不同物种。