Generate distance matrix(距离矩阵计算)

分析模块根据输入的OTU Table的丰度信息,输出样本间的距离矩阵。

输入:

biom格式的OTU Table文本文件

可设置的距离公式有:

bray_curtis(默认)、euclideanabund_jaccardhellinger

输出:

样本间的距离矩阵信息:

         S1            S2           S3            S4            S5

S1     0              0.1984     0.238883 0.222763 0.259351

S2     0.1984     0              0.127324 0.153768 0.160351

S3     0.238883 0.127324 0              0.194398 0.147496

S4     0.222763 0.153768 0.194398 0              0.20812

S5     0.259351 0.160351 0.147496 0.20812   0

注:第一行和第一列均为样本。

分析模块引用了Qiimev1.9.0)中的beta_diversity.py脚本。

相关文献如下所示:

QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data J Gregory Caporaso, Justin Kuczynski, Jesse Stombaugh, Kyle Bittinger, Frederic D Bushman, Elizabeth K Costello, Noah Fierer, Antonio Gonzalez Pena, Julia K Goodrich, Jeffrey I Gordon, Gavin A Huttley, Scott T Kelley, Dan Knights, Jeremy E Koenig, Ruth E Ley, Catherine A Lozupone, Daniel McDonald, Brian D Muegge, Meg Pirrung, Jens Reeder, Joel R Sevinsky, Peter J Turnbaugh, William A Walters, Jeremy Widmann, Tanya Yatsunenko, Jesse Zaneveld and Rob Knight; Nature Methods, 2010; doi:10.1038/nmeth.f.303