Plot Species Accumulation curves(物种累计曲线)

物种累积曲线( species accumulation curves)[1]是用于描述随着样本量的加大物种增加的状况,是调查样本的物种组成和预测样本中物种丰度的有效工具,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于样本量是否充分的判断以及物种丰富度( species richness) 的估计。因此,通过物种累积曲线不仅可以判断样本量是否充分,在样本量充分的前提下,运用物种累积曲线还可以对物种丰富度进行预测

输入:

OTU Table文件:

OTU ID    Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU1        0       0       0       0       0       6       34     104  367  254

OTU2        52     335  18     49     0       0       0       0       0       0

OTU3        0       0       0       0       5       0       0       0       0       0

其他参数默认。

输出:

物种累计曲线图:

     

注:横坐标:样本量;纵坐标:抽样后OTU数目。结果反映了持续抽样下新OTU(新物种)出现的速率。在一定范围内,随着样本量的加大,若曲线表现为急剧上升则表示群落中有大量物种被发现;当曲线趋于平缓,则表示此环境中的物种并不会随样本量的增加而显著增多。利用物种累积曲线可以作为对样本量是否充分的判断,曲线急剧上升表明样本量不足,需要增加抽样量;反之,则表明抽样充分,可以进行数据分析。

分析模块利用R语言(v2.12.1)进行数据运算和制作曲线图。

相关文献如下所示:

Maughan H, Wang PW, Diaz Caballero J, Fung P, Gong Y, et al. (2012) Analysis of the Cystic Fibrosis Lung Microbiota via Serial Illumina Sequencing of Bacterial 16S rRNA Hypervariable Regions. PLoS ONE 7(10): e45791. doi:10.1371/journal.pone.0045791.