Summary the representation of taxonomic groups(生成对

分析模块生成各分类学水平样本序列数统计表,或各分类学水平样本序列数相对丰度百分比统计表

输入文件:

biom格式的OTU Table文本文件,其中包含OTU的物种分类信息。可以由模块 "Convert table to biom with taxonomy assignment information" 生成。

输入参数:

Taxonomy level2

Ouput the absolute abundance yes

分类学等级对应的结果依赖于进行分类学注释时所采用的数据库。不同的数据库,等级对应的结果不同。

例如,对于Greengenes 数据库,使用如下的分类学等级: Level 1 = Kingdom (e.g Bacteria), Level 2 = Phylum (e.g Actinobacteria), Level 3 = Class (e.g Actinobacteria), Level 4 = Order (e.g Actinomycetales), Level 5 = Family (e.g Streptomycetaceae), Level 6 = Genus (e.g Streptomyces), Level 7 = Species (e.g mirabilis). "

输出文件:

OTU ID     Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

Acidobacteria   7       4       12     28     68     113  78     0       5       31

Actinobacteria  2385         4308         1147         7255         8209         4896         5260         1016         2080         3321

Armatimonadetes     31     353  0       80     3       4       10     6       22     34

Bacteria_unclassified        33     29     1       12     44     5       141  100  10     3

Bacteroidetes    1026         1340         3491         762  657  2519         734  538  1218         1773

Candidate_division_BRC1       0       0       0       0       0       2       0       0       0       0

Candidate_division_TM7          0       0       0       0       30     343  0       6       1       0

分析模块引用了Qiimev1.9.0)中的summarize_taxa.py脚本。

相关文献如下所示:

QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data J Gregory Caporaso, Justin Kuczynski, Jesse Stombaugh, Kyle Bittinger, Frederic D Bushman, Elizabeth K Costello, Noah Fierer, Antonio Gonzalez Pena, Julia K Goodrich, Jeffrey I Gordon, Gavin A Huttley, Scott T Kelley, Dan Knights, Jeremy E Koenig, Ruth E Ley, Catherine A Lozupone, Daniel McDonald, Brian D Muegge, Meg Pirrung, Jens Reeder, Joel R Sevinsky, Peter J Turnbaugh, William A Walters, Jeremy Widmann, Tanya Yatsunenko, Jesse Zaneveld and Rob Knight; Nature Methods, 2010; doi:10.1038/nmeth.f.303