Glimmer3 Predict ORFs in prokaryotic genomes(基因预测,

功能简介

分析模块,利用Glimmer3,输入原核生物基因组序列,在无背景信息情况下,进行开放阅读框预测。


Glimmer分析流程一览

**************          **************          **************          ************** *            *          *            *          *            *          *            * * long-orfs  *  ===>    *   Extract  *  ===>    * build-icm  *  ===>    *  glimmer3  * *            *          *            *          *            *          *            * **************          **************          **************          **************


示例

Suppose you have the following DNA sequences:

>SQ   Sequence 8667507 BP; 1203558 A; 3121252 C; 3129638 G; 1213059 T; 0 other; cccgcggagcgggtaccacatcgctgcgcgatgtgcgagcgaacacccgggctgcgcccg ggtgttgcgctcccgctccgcgggagcgctggcgggacgctgcgcgtcccgctcaccaag cccgcttcgcgggcttggtgacgctccgtccgctgcgcttccggagttgcggggcttcgc cccgctaaccctgggcctcgcttcgctccgccttgggcctgcggcgggtccgctgcgctc ccccgcctcaagggcccttccggctgcgcctccaggacccaaccgcttgcgcgggcctgg .......

Running this tool will produce a FASTA file with predicted genes and glimmer output files like the following:

>SQ   Sequence 8667507 BP; 1203558 A; 3121252 C; 3129638 G; 1213059 T; 0 other; orf00001      577      699  +1     5.24 orf00003      800     1123  +2     5.18 orf00004     1144     3813  +1    10.62 orf00006     3857     6220  +2     6.07 orf00007     6226     7173  +1     1.69 orf00008     7187     9307  +2     8.95 orf00009     9424    10410  +1     8.29 orf00010    10515    11363  +3     7.00 orf00011    11812    11964  +1     2.80 orf00012    12360    13457  +3     4.80 orf00013    14379    14044  -1     7.41 orf00015    15029    14739  -3    12.43 orf00016    15066    15227  +3     1.91 orf00020    16061    15351  -3     2.83 orf00021    17513    17391  -3     2.20 orf00023    17529    17675  +3     0.11


分析模块引用了 glimmer v3.02b 软件(https://ccb.jhu.edu/software/glimmer/)。

相关文献如下所示:

A.L. Delcher, K.A. Bratke, E.C. Powers, and S.L. Salzberg. Identifying bacterial genes and endosymbiont DNA with Glimmer. Bioinformatics (Advance online version) (2007).