Get candidate region variants

分析模块,输入染色体区间信息文件(由分析模块“Get candidate region from SNP-Index statistics result”生成),和VCF变异信息文件,过滤得到只包含区间内变异信息的VCF文件。


输入


染色体区间信息文件,由分析模块“Get candidate region from SNP-Index statistics result”生成。

示例:

CHROM  START     END

Chr01       3040000  4139999

Chr01       6410000  7709999

Chr01       10840000         13969999

Chr01       15170000         16169999

Chr01       18040000         19769999

Chr01       21140000         24089999

Chr01       24350000         27299999

Chr02       7520000  9949999

Chr02       22510000         23929999

Chr02       30050000         31069999


VCF格式的变异信息文件。

示例:

#CHROM          POS  ID     REF ALT QUAL       FILTER    INFO         FORMAT          Bulk1        Bulk2

Chr01        248  .        C      T       79.44        .        .        GT:AD:DP:GQ:PL    0/1:4,4:8:53:53,0,76         1/1:0,2:2:6:55,6,0

Chr01        333  .        C      T       200.60      .        .        GT:AD:DP:GQ:PL    0/1:2,11:13:21:118,0,21  1/1:0,7:7:12:112,12,0

Chr01        364  .        T       C      161.86      .        .        GT:AD:DP:GQ:PL    0/1:3,10:13:99:112,0,104         1/1:0,5:5:9:79,9,0


输出:


只包含区间内变异信息的VCF文件。