Retain variants in VCF file

分析模块,根据染色体名称列表文件,保留VCF文件中对应染色体的变异信息。生成的VCF文件,只包含列表文件中对应染色体的突变信息。

关于VCF格式的详细介绍,参考:(http://www.1000genomes.org/wiki/Analysis/variant-call-format/)。


输入:


1、VCF格式的变异信息文件。

.

2、染色体名称列表文件。

示例:

Chr01

Chr02

Chr03

Chr04

Chr05

Chr06

Chr07


输出:


VCF格式的变异信息文件,只包含染色体名称列表文件中,对应染色体的变异信息。

即,列表文件中没有的染色体名,如果输入的VCF文件中有,那么VCF文件中的这条染色体的全部变异信息都会被过滤掉。