Statistics Variation Information(变异检测结果统计)

分析模块,输入vcf变异信息文件,分别统计SNP和InDel的个数。


输入:


vcf格式的变异信息文件。

示例:

#CHROM          POS  ID     REF ALT QUAL       FILTER    INFO         FORMAT NA00001 NA00002 NA00003

16     50745926         rs2066844         C      T       80     PASS         NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2   GT:GQ:DP:HQ 0|0:48:1:51,51         1|0:48:8:51,51 1/1:43:5:.,.

20     14370       rs6054257         G      A      29     PASS         NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2   GT:GQ:DP:HQ 0|0:48:1:51,51         1|0:48:8:51,51 1/1:43:5:.,.

20     17330       .        T       A      3       q10  NS=3;DP=11;AF=0.017    GT:GQ:DP:HQ 0|0:49:3:58,50 0|1:3:5:65,3      0/0:41:3

……


输出:


SNP和InDel的个数统计信息。

示例:

CHROM   SnpNum   IndelNum

16     1       0

20     4       2

输出文件格式说明如下所示:

CHROM:参考序列名称。

SnpNum:对应序列的SNP数量。

IndelNum:对应序列的InDel数量。