Filter VCF File(过滤VCF文件)

分析模块,输入vcf格式的变异信息文件,对变异结果进行过滤。

关于VCF格式的详细介绍,参考:(http://www.1000genomes.org/wiki/Analysis/variant-call-format/)。


输入:


vcf格式的变异信息文件。


输出:


经过过滤后的vcf文件。


注:以下对各个过滤体条件进行详细介绍:

Minimum Phred-scaled variant Quality:变异最小质量值阈值。默认阈值为:30,表示变异的准确度为99.9%

Minimum Read Depth:最小深度阈值。默认阈值为:5

Maximum Read Depth:最大深度阈值。默认阈值为:10000000

Minimum Phred-scaled p-value Using Fisher's Exact Test To Detect Strand Bias:正负链比例,Filsher精确检验的阈值。默认阈值为:0。正常情况下,由于随机性,正负链DNA应该被同时测到。

Maximum absolute value of Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias:突变在reads上的位置,秩和检验的阈值。默认阈值为:2.5。正常情况下,由于随机性,突变在不同reads上的坐标应该是随机的。