Merge sorted BAM Files(合并排序后的BAM文件)

分析模块,输入2个或2个以上,按坐标排序过的bam格式文件,合并比对结果,并输出合并后的bam文件。

注:可使用分析模块 "Sort BAM" 对bam文件进行排序。合并后的bam文件已经按坐标位置排好序。

关于SAM/BAM格式的介绍,参考分析模块 "Map with BWA" 的帮助文档,或者参考:(https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf)。


输入:


2个或2个以上,按坐标排序过的bam比对结果文件。


输出:


合并比对结果后的bam格式文件。



分析模块引用了SAMtools v0.1.19软件中的merge命令进行比对结果文件的合并(http://samtools.sourceforge.net/)。


相关文献如下所示:

Li H.*, Handsaker B.*, Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. and 1000 Genome Project Data Processing Subgroup (2009) The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools. Bioinformatics, 25, 2078-9. [PMID: 19505943]

Li H A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data. Bioinformatics. 2011 Nov 1;27(21):2987-93. Epub 2011 Sep 8. [PMID: 21903627]