Sort BAM(BAM文件排序)

分析模块,输入bam格式的比对结果文件,根据比对坐标,对比对结果进行排序,生成排序后的bam文件。

分析模块也可以,按read名称进行排序。主流的分析软件,需要的是按坐标排序好的bam文件。因此,按read名称排序的意义不大。

默认情况(默认参数设置),分析模块按比对坐标,对bam文件进行排序。

关于SAM/BAM格式的介绍,参考分析模块 "Map with BWA" 的帮助文档,或者参考:(https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf)。


输入:


bam格式的比对结果文件。


输出:


排序后的比对结果(bam格式文件)。



分析模块引用了SAMtools v0.1.19软件中的sort命令进行比对结果的排序(http://samtools.sourceforge.net/)。


相关文献如下所示:

Li H.*, Handsaker B.*, Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. and 1000 Genome Project Data Processing Subgroup (2009) The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools. Bioinformatics, 25, 2078-9. [PMID: 19505943]

Li H A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data. Bioinformatics. 2011 Nov 1;27(21):2987-93. Epub 2011 Sep 8. [PMID: 21903627]