Filter BAM(过滤BAM比对结果文件)

分析模块,输入bam格式的比对结果文件,根据比对结果质量值,过滤比对结果。如果,提供bed格式的区间信息文件,不在区间内的比对结果也会被过滤掉。

关于SAM/BAM格式的介绍,参考分析模块 "Map with BWA" 的帮助文档,或者参考:(https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf)。


输入:


1、bam格式的比对结果文件。


2、bed格式的区间信息文件(可选)。

示例:

chr1  2000         4000

chr1  13500       15000

chr2  23000       25000


输出:


经过过滤后的比对结果(bam格式文件)。



分析模块引用了SAMtools v0.1.19软件中的view命令进行比对结果的过滤(http://samtools.sourceforge.net/)。


相关文献如下所示:

Li H.*, Handsaker B.*, Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. and 1000 Genome Project Data Processing Subgroup (2009) The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools. Bioinformatics, 25, 2078-9. [PMID: 19505943]

Li H A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data. Bioinformatics. 2011 Nov 1;27(21):2987-93. Epub 2011 Sep 8. [PMID: 21903627]