SAM-to-BAM(SAM文件转BAM文件)

分析模块,将输入的sam格式文件(可由分析模块 "Map with BWA" 生成),转换生成bam格式文件。

注:bam格式文件是sam格式文件压缩后的二进制格式文件,占用存储空间更小。

关于SAM/BAM格式的介绍,参考分析模块 "Map with BWA" 的帮助文档,或者参考:(https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf)。


输入:


sam格式的比对结果文件。


输出:


bam格式的比对结果文件。



分析模块引用了SAMtools v0.1.19软件中的view命令进行格式转换(http://samtools.sourceforge.net/)。


相关文献如下所示:

Li H.*, Handsaker B.*, Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. and 1000 Genome Project Data Processing Subgroup (2009) The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools. Bioinformatics, 25, 2078-9. [PMID: 19505943]

Li H A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data. Bioinformatics. 2011 Nov 1;27(21):2987-93. Epub 2011 Sep 8. [PMID: 21903627]