Compute sequence length(计算fasta序列长度)

分析模块,计算FASTA格式序列文件中,每一条序列的长度信息。

输入:

FASTA格式的序列数据文件:

>OTU1

GTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCG ……

>OTU2

GTAGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCG ……

>OTU3

GTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCAATGCCG ……

……

输出:

序列长度信息文件:

OTU1        425

OTU2        451

OTU3        425

OTU4        430

OTU5        426

其中,第一列为序列名,第二列为序列长度。

关于FASTA格式文件,请参考维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format