Get candidate region

分析模块,输入SNP-Index计算结果文件(可由分析模块“I. SNP-Index Calculation”或“II. SNP-Index Calculation”生成),得到与目标性状连锁的候选区域。

通常,两混池SNP-Index的差值服从正态分布,根据给定的P值,确定正态分布两端SNP-Index的阈值,然后将SNP-Index差值小于左侧阈值或SNP-Index差值大于右侧阈值的结果确定为与性状关联的候选区域。

上图展示了正态分布,在不同P值下,对应不同的阈值。


输入


SNP-Index计算结果文件,可由分析模块“I. SNP-Index Calculation”或“II. SNP-Index Calculation”生成。

示例:

CHROM  START     END NUMBER         Buik1        Bulk2        D-VALUE

Chr01       0       999999     1121         0.8543276619818    0.867040175960477        0.0127125139786768

Chr01       10000       1009999  1106         0.854161474803691        0.868039816683269        0.0138783418795785

Chr01       20000       1019999  1117         0.85345864406317 0.867608508431804        0.0141498643686343

Chr01       30000       1029999  1106         0.851523985208697        0.866291775694722        0.0147677904860253


输出:


筛选出来,与性状连锁的候选区域结果文件。

示例:

CHROM  START     END NUMBER         Bulk1        Bulk2        D-VALUE

Chr01       3040000  4039999  689  0.867145561246617        0.777906676898475        -0.0892388843481421

Chr01       3050000  4049999  688  0.867340055763937        0.77758386683583 -0.0897561889281071

Chr01       3060000  4059999  688  0.867340055763937        0.77758386683583 -0.0897561889281071

     

整合后的候选区域结果文件(合并重叠区域的结果)。

示例:

CHROM  START     END

Chr01       3040000  4139999

Chr01       6410000  7709999

Chr01       10840000         13969999

Chr01       15170000         16169999

Chr01       18040000         19769999

Chr01       21140000         24089999

Chr01       24350000         27299999

Chr02       7520000  9949999

Chr02       22510000         23929999

Chr02       30050000         31069999



参考文献:

Takagi H, Abe A, Yoshida K, et al. QTL‐seq: rapid mapping ofquantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from twobulked populations[J]. The Plant Journal, 2013, 74(1): 174-183.

Abe A, Kosugi S, Yoshida K, et al. Genome sequencing revealsagronomically important loci in rice using MutMap[J]. Nature biotechnology,2012, 30(2): 174-178.