Plot KEGG Enrichment(KEGG富集散点图)

分析模块,输入差异基因KEGG富集分析结果,由分析模块“KEGG Enrichment Analysis”生成,输出KEGG富集散点图。


输入:


差异基因KEGG富集分析结果文件,由分析模块“KEGG Enrichment Analysis”生成。

示例:

#Term       Database ID     Input number   Background number         P-Value     Corrected P-Value     Input         Hyperlink

Thiamine metabolism       KEGG PATHWAY     ko00730  4       7       0.00601059318131 0.140625236043         BM590_A0226|BM590_A0220|BM590_A0222|BM590_A0223    http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00730/K00788%09red/K03149%09red/K00941%09red/K03707%09red

Nitrogen metabolism         KEGG PATHWAY     ko00910  5       13     0.00760136411042 0.140625236043         BM590_B0293|BM590_B0239|BM590_B0240|BM590_B0290|BM590_B0268  http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00910/K00374%09red/K00376%09red/K04561%09red/K02305%09red/K00370%09red

…….


输出:


KEGG富集散点图。

示例:

注:横轴表示富集因子,指富集到某个ko通路的差异基因个数与富集到该ko通路全部基因个数的比值,对于ko00730,为4/7;纵坐标表示富集到的ko通路功能描述;圆圈越大代表富集到此功能的差异基因个数相对越多;从蓝色到红色的色谱代表未修正的p-value值。



分析模块引用R语言(v3.2.1)ggplot2包(v2.2.1)中的geom_point相关功能进行KEGG富集散点图的绘制。