Batch Mode: Plot Enriched GO DAG Grapth(批处理:GO富集结果

分析模块,输入差异基因GO富集分析HTML结果文件(链接所有GO富集分析的结果),由分析模块“Batch Mode: GO Enrichment Analysis”生成。选取GO富集结果中,前N的GO信息绘制对应的GO有向无环图。生成GO有向无环图HTML结果文件(链接生成的GO有向无环图)。

模块为分析模块“Plot Enriched GO DAG Grapth”的批处理版本,对输入HTML文件中包含的链接文件进行批处理,输出相应处理后的HTML结果文件(链接批处理后的文件)。


输入:


差异基因GO富集分析HTML文件(链接所有GO富集分析的结果),由分析模块“Batch Mode: GO Enrichment Analysis”生成。

示例:


输出:


GO有向无环图HTML结果文件(链接生成的GO有向无环图,只针对“ e ”,显著富集的结果进行作图)。

示例:



关于HTML链接的文件内容和格式。

*.enriched_GOdag.pdf文件参考分析模块“Plot Enriched GO DAG Grapth”的帮助文档。

*.enriched_GOdag.gml文件参考分析模块“Plot Enriched GO DAG Grapth”的帮助文档。



分析模块引用了goatools(v0.5.7)软件(https://github.com/tanghaibao/goatools/)。


相关文献如下所示:

Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628.



GO(Gene Ontology) 是基因本体论联合会建立的数据库,适用于各物种,对基因和蛋白功能进行限定和描述。利用 GO 数据库,可以将基因按照它们参与的生物学过程、构成细胞的组分,实现的分子功能等进行分类。因此GO注释更加便于我们理解基因背后所代表的生物学意义。

!!更新GO结构关系和描述信息数据库,通过Gene Ontology官网链接(http://geneontology.org/ontology/go-basic.obo),下载最新的go-basic.obo文件,覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。