Plot GO lineage DAG Grapth with Pvalue(带P值的GO有向无环图

分析模块,输入包含GO Term和p值的表格文件。其中,第一列为GO Term,第二列为p值。根据输入的GO信息绘制对应的GO有向无环图。


输入:


包含GO Term和p值的表格文件。其中,p值可以被替换为任意字符信息,不影响GO有向无环图的绘制。

示例:

GO:0019843     2.62e-07

GO:0043228     2.86e-07

GO:0043043     2.86e-07

GO:0005198     2.97e-07

GO:0043229     2.97e-07

GO:0006518     3.84e-07

GO:0043226     3.84e-07

GO:0030529     3.84e-07

GO:1990904     3.84e-07


输出:


1、GO有向无环图,其中输入的p值(第二列内容)会在节点的第三行进行显示。

示例:

注:图中,分支代表包含关系,从上至下所定义的功能范围越来越小,每个节点代表一个GO Term。天蓝色节点是输入GO表格包含的GO Terms


2、GO有向无环图gml文件,可导入到Cytoscape中进行可视化的展示和编辑。

注:

在Cytoscape中,通过左上方的File选项 –> Import -> Network -> File。导入对应的gml文件。

通过上方的layout选项 -> Hierarchical Layout。设置GO节点按分层方式布局。

通过左方的Style选项卡 -> Node -> Fill Color栏 -> 点击右侧三角展开 -> Column选项,选择fillcolor -> Mapping Type选项,选择Discrete Mapping -> 为下方的plum设置一种合适的颜色。将输入GO表格中的GO Term节点标上不同的颜色。

通过左方的Style选项卡 -> Node -> Shape栏 -> 点击右侧三角展开 -> Column选项,选择fillcolor -> Mapping Type选项,选择Discrete Mapping -> 为下方的plum设置形状为椭圆(Ellipse)。将输入GO表格中的GO Term节点的图案形状设置为椭圆。

通过左方的Style选项卡 -> Node -> Label Font Size栏 -> 点击前端的第一个小方框 -> 设置节点字体大小为8

通过左方的Style选项卡 -> Node -> Width栏 -> 点击前端的第一个小方框 -> 设置节点图形宽度为50

通过左方的Style选项卡 -> Edge -> Source Arrow Shape栏 -> 点击前端的第一个小方框 -> 设置线条形状为Arrow

如需,更进一步的调整和作图,参考Cytoscape官网教程:(http://www.cytoscape.org/documentation_users.html)。

其中,示例用Cytoscape版本为:3.3.0,Java版本为:1.8.0_74



分析模块引用了goatools(v0.5.7)软件(https://github.com/tanghaibao/goatools/)。


相关文献如下所示:

Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628.



GO(Gene Ontology) 是基因本体论联合会建立的数据库,适用于各物种,对基因和蛋白功能进行限定和描述。利用 GO 数据库,可以将基因按照它们参与的生物学过程、构成细胞的组分,实现的分子功能等进行分类。因此GO注释更加便于我们理解基因背后所代表的生物学意义。

!!更新GO结构关系和描述信息数据库,通过Gene Ontology官网链接(http://geneontology.org/ontology/go-basic.obo),下载最新的go-basic.obo文件,覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。