Print the hierarchy below GO Term(给定GO Term,输出该GO

分析模块,设置一个GO节点编号,输出该GO节点下包含的所有GO信息。


输入:


设置GO节点编号为:GO:0043043


输出:


设置的GO节点下包含的所有GO信息。

示例:

-    38 GO:0043043   L-05 D-06          peptide biosynthetic process

--     0 GO:0046938   L-04 D-07          phytochelatin biosynthetic process

--     4 GO:0002777   L-06 D-07          antimicrobial peptide biosynthetic process

---     0 GO:0002783  L-07 D-08          antifungal peptide biosynthetic process

---     2 GO:0002780  L-07 D-08          antibacterial peptide biosynthetic process

----     0 GO:0002815          L-08 D-09          biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-positive bacteria

----     0 GO:0002812          L-08 D-09          biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria

--     0 GO:0002936   L-06 D-07          bradykinin biosynthetic process

--     0 GO:0035499   L-06 D-07          carnosine biosynthetic process

--     5 GO:0006412   L-05 D-07          translation

---     0 GO:0032544  L-05 D-08          plastid translation

---     0 GO:0032543  L-05 D-08          mitochondrial translation

---     1 GO:0019081  L-06 D-08          viral translation

……

这里,前端数字为该GO节点下包含的GO节点数量求和,L-dd为GO等级(与根节点最短路径的距离),D-dd为GO深度(与根节点最长路径的距离),后续的文本为对应的GO功能描述。



分析模块引用了goatools(v0.5.7)软件(https://github.com/tanghaibao/goatools/)。


相关文献如下所示:

Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628.



GO(Gene Ontology) 是基因本体论联合会建立的数据库,适用于各物种,对基因和蛋白功能进行限定和描述。利用 GO 数据库,可以将基因按照它们参与的生物学过程、构成细胞的组分,实现的分子功能等进行分类。因此GO注释更加便于我们理解基因背后所代表的生物学意义。

!!更新GO结构关系和描述信息数据库,通过Gene Ontology官网链接http://geneontology.org/ontology/go-basic.obo),下载最新的go-basic.obo文件,覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。