Plot hcluster tree(层次聚类树)

分析模块,输入FPKM矩阵,对样品进行聚类分析,输出样本聚类树状图。

分析模块默认对fpkm进行log2fpkm+1)变换;样本间距离公式均为欧式距离;样本聚类方法为hclustercomplete算法)。

输入:

FPKM矩阵。

示例:

        T4    T5    T6    T7    T8    T9

BM590_A0004         406.46      494.13      414.62      825.09      2678.41    555.67

BM590_A0005         605.70      755.09      643.55      1184.73    2980.14    568.58

BM590_A0015         382.41      435.68      435.09      667.24      1664.78    511.53

BM590_A0021         305.80      347.07      323.75      151.16      57.04        252.18

BM590_A0025         82.60        71.30        83.22        95.78        311.02      96.31

BM590_A0028         389.64      441.62      387.26      1020.02    5531.28    345.31

BM590_A0046         295.72      291.23      379.24      308.84      92.26        517.02

……

输出:

1newick-formatted树文件,newick是一种树状的标准格式文件,可被多种建树软件识别。

注:如需对样本进行分组画图,可将该文件作为分析模块Plot Tree using Newick tree format file的输入,进行作图。支持多种树状图展示方式。

2、样本聚类树状图。

示例:

注:样本聚类树状图,利用树枝结构描述和比较多个样本间的相似性和差异关系。树枝长度代表样本间的距离,末端竖线表示样本聚在一起相似度较高。

分析模块引用R语言(v3.2.1)中的cor函数进行相关系数计算,dist函数进行距离计算,hclust函数进行样品间的聚类。