Generate distance matrix(距离矩阵计算)

分析模块,输入FPKM矩阵,根据设定的距离公式,计算两两样本的距离,输出样本间的距离矩阵。

输入:

FPKM矩阵(FPKM Matrix)。

示例:

        T4    T5    T6    T7    T8    T9

BM590_A0001         390.11      379.54      386.52      288.73      372.47      327.73

BM590_A0002         350.06      310.51      328.78      175.32      249.21      210.62

BM590_A0003         222.52      219.54      209.39      174.45      97.20        240.38

BM590_A0004         406.46      494.13      414.62      825.09      2678.41    555.67

BM590_A0005         605.70      755.09      643.55      1184.73    2980.14    568.58

BM590_A0006         306.72      311.16      351.08      282.26      204.19      310.56

……

输出:

样本间的距离矩阵。

示例:

         T4    T5    T6    T7    T8    T9

T4     0       13.309806490621    12.8328319481701 44.2547040240155 103.615826419947 34.7080813217134

T5     13.309806490621    0       14.2688425759815 43.6970358825701 101.844088884956 35.9702984636113

T6     12.8328319481701 14.2688425759815 0       42.8295191815047 104.165822252793 31.1348591290974

T7     44.2547040240155 43.6970358825701 42.8295191815047 0       82.0937169482593 33.0949750872802

T8     103.615826419947 101.844088884956 104.165822252793 82.0937169482593 0       102.176434778739

T9     34.7080813217134 35.9702984636113 31.1348591290974 33.0949750872802 102.176434778739 0

分析模块引用R语言(v3.2.1)中的dist函数计算样本间的距离。