Replicates to Sample averages(组内样品求fpkm均值)

分析模块,输入FPKM矩阵和重复样分组信息文件。根据分组信息,计算每个分组内样品的FPKM均值,并输出计算后的均值结果。


输入:


1、FPKM矩阵(FPKM Matrix)。

示例:

        T4    T5    T6    T7    T8    T9

BM590_A0001         390.11      379.54      386.52      288.73      372.47      327.73

BM590_A0002         350.06      310.51      328.78      175.32      249.21      210.62

BM590_A0003         222.52      219.54      209.39      174.45      97.20        240.38

BM590_A0004         406.46      494.13      414.62      825.09      2678.41    555.67

BM590_A0005         605.70      755.09      643.55      1184.73    2980.14    568.58

BM590_A0006         306.72      311.16      351.08      282.26      204.19      310.56

BM590_A0007         263.99      218.94      225.39      18.38        82.37        81.27

BM590_A0008         284.78      277.01      285.01      125.51      101.45      211.67

……


2、分组信息文件。其中,第一列为样品名称,第二列为分组名称。

示例:

T4     group1

T5     group1

T6     group1

T7     group2

T8     group2

T9     group2




输出:


分组内FKPM均值计算后的结果矩阵。

示例:

        group1      group2

BM590_A0001         385.390    329.643

BM590_A0002         329.783    211.717

BM590_A0003         217.150    170.677

BM590_A0004         438.403    1353.057

BM590_A0005         668.113    1577.817

BM590_A0006         322.987    265.670

BM590_A0007         236.107    60.673

BM590_A0008         282.267    146.210

……