FPKM matrix log2 transform(矩阵数值log2变换)

分析模块,输入FPKM矩阵,对数值进行log2对数变换。

如果选择:log2_transform,value = log2(fpkm+1)

如果选择:log2_transform_median_center,value = log2(fpkm+1) – median(log2(fpkm+1))其中median(log2(fpkm+1))为一行中fpkm取对数之后的中位数,逐行处理。


输入:


FPKM矩阵(FPKM Matrix)。

示例:

        T4    T5    T6    T7    T8    T9

BM590_A0001         390.11      379.54      386.52      288.73      372.47      327.73

BM590_A0002         350.06      310.51      328.78      175.32      249.21      210.62

BM590_A0003         222.52      219.54      209.39      174.45      97.20        240.38

BM590_A0004         406.46      494.13      414.62      825.09      2678.41    555.67

BM590_A0005         605.70      755.09      643.55      1184.73    2980.14    568.58

BM590_A0006         306.72      311.16      351.08      282.26      204.19      310.56

BM590_A0007         263.99      218.94      225.39      18.38        82.37        81.27

BM590_A0008         284.78      277.01      285.01      125.51      101.45      211.67

……


输出:


FPKM对数变换后的矩阵。

示例:

        T4    T5    T6    T7    T8    T9

BM590_A0001         8.61 8.57 8.60 8.18 8.54 8.36

BM590_A0002         8.46 8.28 8.37 7.46 7.97 7.73

BM590_A0003         7.80 7.78 7.72 7.45 6.62 7.92

BM590_A0004         8.67 8.95 8.70 9.69 11.39        9.12

BM590_A0005         9.24 9.56 9.33 10.21        11.54        9.15

BM590_A0006         8.27 8.29 8.46 8.15 7.68 8.28

BM590_A0007         8.05 7.78 7.82 4.28 6.38 6.36

BM590_A0008         8.16 8.12 8.16 6.98 6.68 7.73

……