Retrieve Rows from matrix/tabular file(根据基因列表得到对应基

分析模块,输入矩阵(计数矩阵/FPKM矩阵),和基因名列表文件。根据列表文件提供的基因名信息,提取矩阵中对应基因的行,生成只包含输入列表基因名的矩阵。


输入:


1、矩阵(Matrix)。

示例:

        T4    T5    T6    T7    T8    T9

BM590_A0001         565  505  843  286  247  1909

BM590_A0002         362  295  512  124  118  876

BM590_A0003         235  213  333  126  47     1021

BM590_A0004         291  325  447  404  878  1600

BM590_A0005         530  607  848  709  1194         2001

BM590_A0006         456  425  786  287  139  1857

BM590_A0007         21     16     27     1       3       26

BM590_A0008         282  252  425  85     46     843

……


2、基因名列表文件。

示例:

BM590_A0001

BM590_A0002

BM590_A0006

BM590_A0007

BM590_A0008

……


输出:

矩阵(Matrix),只包含输入基因名列表对应的行。

示例:

        T4    T5    T6    T7    T8    T9

BM590_A0001         565  505  843  286  247  1909

BM590_A0002         362  295  512  124  118  876

BM590_A0006         456  425  786  287  139  1857

BM590_A0007         21     16     27     1       3       26

BM590_A0008         282  252  425  85     46     843

……