Summary DE Analysis Result(统计差异表达分析结果)

分析模块,输入差异表达分析HTML结果文件,可由分析模块“Differential Expression Analysis”和“Parse Cuffdiff results”生成。根据设置的pval、FDR/padj、logfc阈值,生成差异结果数目统计表。


输入:


差异表达分析HTML结果文件,可由分析模块“Differential Expression Analysis”和“Parse Cuffdiff results”生成。

示例:


设置差异结果,pval阈值为:1,FDR阈值为:0.05,logFC阈值为:1


输出:


差异结果数目统计表。

示例:

Comparison      DE_number      Up_Number      Down_Number

T4_vs_T5          0       0       0

T4_vs_T6          0       0       0

T4_vs_T7          29     28     1

T4_vs_T8          873  507  366

T4_vs_T9          5       0       5

T5_vs_T6          0       0       0

T5_vs_T7          20     20     0

T5_vs_T8          821  474  347

T5_vs_T9          7       0       7

T6_vs_T7          29     29     0

T6_vs_T8          888  507  381

T6_vs_T9          1       0       1

T7_vs_T8          373  180  193

T7_vs_T9          9       0       9

T8_vs_T9          991  448  543

其中,

第一列为,具体的比较样本信息。

第二列为,差异结果数目统计。

第三列为,上调差异结果数目统计。

第四列为,下调差异结果数目统计。



关于HTML链接的文件内容和格式。

*.DE_results文件参考分析模块“Differential Expression Analysis”、“Parse Cuffdiff results”的帮助文档。