Filter DE Analysis Result(过滤差异表达分析结果)

分析模块,输入差异表达的分析结果文件,根据pval、FDR/padj、logfc过滤差异表达的分析结果,从而得到差异结果。支持处理edgeR、DESeq2、limma、Cuffdiff的分析结果。

用于过滤分析模块“Differential Expression Analysis”和“Parse Cuffdiff results”生成HTML结果中链接的单个文件。

如果需要批量过滤分析模块“Differential Expression Analysis”和“Parse Cuffdiff results”生成HTML结果中链接的所有文件。请使用模块“Batch Mode: Filter DE Analysis Result”。


输入:


差异表达分析结果文件。

示例(edgeR):

logFC        logCPM    PValue      FDR

BM590_B0190         -6.22004162791632         13.3689809907188 2.98996378853995e-14   1.02137163016525e-10

BM590_B0191         -6.13104867587805         10.0374982362663 1.12830573683373e-13   1.92714619851201e-10

BM590_A0444         -5.49159468960263         12.9054578419781 3.92883335526202e-12   3.39358904855402e-09

BM590_A1814         -1.65846415501599         7.57412085665823 0.0156617132960044      0.052970705563516

……


设置差异结果,pval阈值为:1,FDR阈值为:0.05,logFC阈值为:1


输出:


1、过滤后的差异表达分析结果(只输出满足条件的行,即差异结果)。

示例(edgeR):

logFC        logCPM    PValue      FDR

BM590_B0190         -6.22004162791632         13.3689809907188 2.98996378853995e-14   1.02137163016525e-10

BM590_B0191         -6.13104867587805         10.0374982362663 1.12830573683373e-13   1.92714619851201e-10

BM590_A0444         -5.49159468960263         12.9054578419781 3.92883335526202e-12   3.39358904855402e-09

BM590_B0237         3.33493549275097 7.06645662320965 2.61318911526282e-05   0.00046013680503803

……


2、过滤后的差异表达上调结果(logfc > 0的结果,上调的差异结果)。

示例(edgeR):

logFC        logCPM    PValue      FDR

BM590_A0615         5.20051586560203 6.99425593314964 2.47931366585968e-08   2.5664652977505e-06

BM590_B0407         4.51867404401898 7.84514997106452 4.02295024258129e-08   3.71416162936695e-06

BM590_B0166         4.88004692890155 7.08521354745863 5.35466954277871e-08   4.46135394100782e-06

……


3、过滤后的差异表达下调结果(logfc<0的结果,下调的差异结果)。

示例(edgeR):

logFC        logCPM    PValue      FDR

BM590_B0190         -6.22004162791632         13.3689809907188 2.98996378853995e-14   1.02137163016525e-10

BM590_B0191         -6.13104867587805         10.0374982362663 1.12830573683373e-13   1.92714619851201e-10

BM590_A0444         -5.49159468960263         12.9054578419781 3.92883335526202e-12   3.39358904855402e-09

……