Plot GO Enrichment(GO富集散点图)

分析模块,输入差异基因GO富集分析结果,由分析模块“GO Enrichment Analysis”生成,输出GO富集散点图。


输入:


差异基因GO富集分析结果文件,由分析模块“GO Enrichment Analysis”生成。

示例:

id      enrichment        description        ratio_in_study  ratio_in_pop     p_uncorrected  p_bonferroni    p_holm     p_sidak    p_fdr         namespace       genes_in_study

GO:0019843     e       rRNA binding    23/342      38/3357   2.62e-07   0.000774 0.000774 0.000755 n.a.   molecular_function         BM590_A2173;BM590_A1223;BM590_A1221;……

GO:0043228     e       non-membrane-bounded organelle   28/342      67/3357   2.86e-07   0.000847 0.000847 0.000826 n.a.         cellular_component BM590_A2173;BM590_A1223;BM590_A1221;……

GO:0043043     e       peptide biosynthetic process     34/342      67/3357   2.86e-07   0.000847 0.000847 0.000826 n.a.         biological_process    BM590_A2173;……

……

GO:0046394     p       carboxylic acid biosynthetic process          1/342        94/3357   0.000775 1       1       1       n.a.   biological_process         BM590_B0462

……


输出:


GO富集散点图(只针对“ e ”,显著富集的结果进行作图)。

示例:

注:横轴表示富集因子,指富集到某个GO Term的差异基因个数与富集到该GO Term全部基因个数的比值,对于GO:0019843,为23/38;纵坐标表示富集到的GO Term功能描述;圆圈越大代表富集到此功能的差异基因个数相对越多;从蓝色到红色的色谱代表未修正的p-value值。



分析模块引用R语言(v3.2.1)ggplot2包(v2.2.1)中的geom_point相关功能进行GO富集散点图的绘制。