FPKM Boxplot for all samples(FPKM盒形图)

分析模块,输入FPKM矩阵,绘制样品表达量盒形图,对不同实验条件下样品的基因表达水平进行比较

输入:

1FPKM矩阵(FPKM Matrix)。

示例:

        T4    T5    T6    T7    T8    T9

BM590_A0001         390.11      379.54      386.52      288.73      372.47      327.73

BM590_A0002         350.06      310.51      328.78      175.32      249.21      210.62

BM590_A0003         222.52      219.54      209.39      174.45      97.20        240.38

BM590_A0004         406.46      494.13      414.62      825.09      2678.41    555.67

BM590_A0005         605.70      755.09      643.55      1184.73    2980.14    568.58

BM590_A0006         306.72      311.16      351.08      282.26      204.19      310.56

……

2、样品分组信息表(可选)。

示例:

T4    group1

T5    group1

T6    group1

T7    group2

T8    group2

T9    group2

输出:

FPKM盒形图。

示例:

注:横坐标为样品名称,纵坐标为log2fpkm+1),每个区域的盒形图对五个统计量(至上而下分别为最大值,上四分位数,中值,下四分位数和最小值)

如果提供分组文件,那么,同一组内的样品,用同一种颜色标识。

分析模块引用R语言(v3.2.1ggplot2包(v2.2.1)中的boxplot相关功能进行盒形图的绘制。