Plot heatmap with tree(热图)

Heatmap可以用颜色变化来反映二维矩阵或表格中的数据信息,它可以直观地将数据值的大小以定义的颜色深浅表示出来。常根据需要将数据进行物种或样本间丰度相似性聚类,将聚类后数据表示在heatmap图上,可将高丰度和低丰度的物种分块聚集,通过颜色梯度及相似程度来反映多个样本在各分类水平上群落组成的相似性和差异性。


输入:

Species Table文件,由分析模块 "Summary the representation of taxonomic groups" 生成。

OTU ID    Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

Bowmanella     0       0       0       0       0       0.000100056698796        0       0       0       0

Brachybacterium      0.00296795613461 3.12314563228e-005       0.000129236535168        0       3.33555703803e-005       0       0         0       2.47163795447e-005       0

Bradyrhizobiaceae_uncultured          0       0.000437240388519        0       0.00058191821404 0.000100066711141        0         0.00073852213515 0       0.000123581897724        0.000289342549429

Bradyrhizobium        7.5456511897e-005          0       0.000129236535168        2.64508279109e-005       0.000233488992662         0.00116732815262 0.00488245189349 0.00122491021965 0.00222447415903 0.00755505545732

Brevundimonas         0.00980934654661 0.00571535650707 0.00129236535168 0.000396762418664        0.000200133422282         0.00123403261848 0.000902638165183        0.000528938503939        0.000593193109073        0.00234688956759

Bryobacter        0       0       0       0       0.000466977985324        6.6704465864e-005          0       0       0       0

其他参数默认。


输出:

热图:



软件及算法:R语言(v2.12.1)vegan包(v2.0-1),vegdist和hclust进行距离计算和聚类分析,聚类方法:complete,距离算法有:bray(默认)、euclidean、manhattan、jaccard。


相关文献如下所示:

Elie Jami, Adi Israel, et al. Exploring the bovine rumen bacterial community from birth to adulthood. The ISME Journal advance online publication, 21 February 2013; doi:10.1038/ismej.2013.2.