Community Pie Plots(群落结构饼图)

根据分类学分析结果,可以得知一个或多个样本在各分类水平上的分类学比对情况。在结果中,包含了两个信息:

Ÿ   样本中含有何种微生物;

Ÿ   样本中各微生物的序列数,即各微生物的相对丰度。

因此,可以使用统计学的分析方法,观测样本在不同分类水平上的群落结构。将多个样本的群落结构分析放在一起对比时,还可以观测其变化情况。根据研究对象是单个或多个样本,结果可能会以不同方式展示。通常使用较直观的饼图或柱状图等形式呈现[1]。群落结构的分析可在任一分类水平进行。


输入:

Species Table文件,由分析模块 "Summary the representation of taxonomic groups" 生成。

OTU ID    Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

Bowmanella     0       0       0       0       0       0.000100056698796        0       0       0       0

Brachybacterium      0.00296795613461 3.12314563228e-005       0.000129236535168        0       3.33555703803e-005       0       0         0       2.47163795447e-005       0

Bradyrhizobiaceae_uncultured          0       0.000437240388519        0       0.00058191821404 0.000100066711141        0         0.00073852213515 0       0.000123581897724        0.000289342549429

Bradyrhizobium        7.5456511897e-005          0       0.000129236535168        2.64508279109e-005       0.000233488992662         0.00116732815262 0.00488245189349 0.00122491021965 0.00222447415903 0.00755505545732

Brevundimonas         0.00980934654661 0.00571535650707 0.00129236535168 0.000396762418664        0.000200133422282         0.00123403261848 0.000902638165183        0.000528938503939        0.000593193109073        0.00234688956759

Bryobacter        0       0       0       0       0.000466977985324        6.6704465864e-005          0       0       0       0

其他参数默认。


输出:

单样本饼图:

注:为使视图效果最佳,作图时可将丰度低于1%的部分合并为other在图中显示。

参数设置如下所示:

分析模块利用R语言(v2.12.1)进行数据运算和制作曲线图。


相关文献如下所示:

Lisa Oberauner, Christin Zachow, Stefan Lackner, et al. The ignored diversity: complex bacterial communities in intensive care units revealed by 16S pyrosequencing. SCIENTIFIC REPORTS. 3 :1413 .DOI: 10.1038/srep01413.(2013).