Plot Rank Abundance curves(Rank-Abundance曲线)

Rank-abundance曲线是分析多样性的一种方式。构建方法是统计单一样本中,每一个OTU所含的序列数,将OTUs按丰度(所含有的序列条数)由大到小等级排序,再以OTU等级为横坐标,以每个OTU中所含的序列数(也可用OTU中序列数的相对百分含量)为纵坐标做图。

Rank-abundance曲线可用来解释多样性的两个方面,即物种丰度和物种均匀度。在水平方向,物种的丰度由曲线的宽度来反映,物种的丰度越高,曲线在横轴上的范围越大;曲线的形状(平滑程度)反映了样本中物种的均度,曲线越平缓,物种分布越均匀。



输入:

OTU Table文件:

OTU ID    Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU1        0       0       0       0       0       6       34     104  367  254

OTU2        52     335  18     49     0       0       0       0       0       0

OTU3        0       0       0       0       5       0       0       0       0       0

其他参数默认。



输出:

各样本OTU Rank-Abundance曲线图:

注:横坐标:OTU等级,“300”代表样本中按照丰度排列第300位的OTU;纵坐标:该等级OTU中序列数的相对百分含量,即属于该OTU的序列数除以总序列数,纵坐标轴上数字,例如“100”代表相对丰度为100%,“10”代表相对丰度为10%,依次类推。



分析模块利用R语言(v2.12.1)进行数据运算和制作曲线图。



相关文献如下所示:

Scott T Bates, Jose C Clemente, et al. Global biogeography of highly diverse protistan communities in soil. The ISME Journal (2013) 7, 652–659; doi:10.1038/ismej.2012.147.