RDP classifier assign taxonomy(RDP分类学注释)

分析模块,输入OTU代表序列,与数据库比对,进行分类学分析,得到OTU分类学结果文件。

分析模块封装了RDP Classifier软件,RDP Classifier采用贝叶斯算法进行分类学分析,支持数据库如下所示:

Gene:16srrna    Trainset No:15  Taxonomy Version:RDP 16S rRNA training set 15

Gene:fungalits_unite    Trainset No:13  Taxonomy Version:UNITE Fungal ITS trains et 07/04/2014

受限于电脑性能,如需支持更多,更大的数据库,建议使用B/S(服务器/浏览器)架构的分析系统,网页端操作。

了解更多,联系:support@vgenomics.cn


输入:

OTU代表序列文件:

>OTU1

GTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCG ……

>OTU2

GTAGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCG ……

>OTU3

GTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCAATGCCG ……

……


输出:

1Qiime格式的分类学注释结果文件:

OTU1        d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Alphaproteobacteria; o__Rhizobiales; f__Bradyrhizobiaceae; g__Bradyrhizobium

OTU2        d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Streptococcaceae; g__Lactococcus

OTU3        d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Alphaproteobacteria; o__Sphingomonadales; f__Sphingomonadaceae; g__Sphingomonas

2RDP格式的分类学注释结果文件:

OTU1                 Root          rootrank   1.0    Bacteria   domain     1.0    "Proteobacteria"        phylum     1.0    Alphaproteobacteria         class 1.0    Rhizobiales       order         1.0    Bradyrhizobiaceae   family       1.0    Bradyrhizobium        genus        0.97

OTU2                 Root          rootrank   1.0    Bacteria   domain     1.0    Firmicutes         phylum     1.0    Bacilli       class 1.0         Lactobacillales order         1.0    Streptococcaceae     family       1.0    Lactococcus     genus        1.0

OTU3                 Root          rootrank   1.0    Bacteria   domain     1.0    "Proteobacteria"        phylum     1.0    Alphaproteobacteria         class 1.0    Sphingomonadales   order         1.0    Sphingomonadaceae        family

分析模块引用了RDP Classifier v2.11软件https://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/)。


相关文献如下所示:

Wang Q, Garrity GM, Tiedje JM, Cole JR. 2007. Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy.Appl Environ Microb 73(16): 5261-5267.