PE/SE数据质控 PE数据组装 样本OTU聚类及丰度信息获取 RDP分类学注释 UTAX分类学注释 多样性指数 稀释性曲线 Shannon-Wiener曲线 Rank-Abundance曲线 Specaccum物种累积曲线 OTU-分布Venn图 PCA分析 PCOA分析 NMDS分析 群落结构Bar图 群落结构Pie图 样本聚类树与柱状图组合分析 群落Heatmap图 OTUTable抽平 单样品分类学系统组成树 LEFSE分析 Plsda分析 多样品分类学系统组成树 系统发生进化树构建 DCA分析 Krona结果展示 (un)WeightedUniFrac分析 RDA分析 ANOSIM相似性分析 样本距离箱式图 CCA分析 Metastat物种丰度差异分析 样本距离heatmap图 Adonis多因素方差分析 序列处理 Alpha/Beta多样性分析 种群结构分析 组间差异分析 环境因子与微生物 分类学结果展示 | 原始数据质控 原始数据统计 SE/PE数据质量剪切 原始数据比对 转录组评估 表达量计算(Transcripts-Based Analysis) 差异表达分析 热图 PCA分析 子表达模式分析(时序、发育) PCOA分析 样品hclust聚类树状图 相关性系数分析 差异基因维恩图 FPKM箱线图 样本距离分析 FPKM分布图 差异基因调控网络图 差异基因子表达模式网络图 差异基因GO注释 GO有向无环图 差异基因KEGG注释 GO富集散点图 GO富集分析 GO富集柱状图 KEGG富集分析 KEGG富集散点图 新转录本预测 可变剪切分析 indel分析 SNP分析 表达量计算(Reference and Annotation Based Analysis) | 原始数据质控 原始数据统计 SE/PE数据质量剪切 原始数据比对 去除PCR-Duplication SNP突变检测 InDel突变检测 SNP突变注释 InDel突变注释 SNP-Index计算(窗口基于物理距离) SNP-Index计算(窗口基于SNP数目) SNP-Index分布图 性状关联目标区域筛选(基于SNP-Index计算结果) 靶向区域序列提取 靶向区域深度覆盖度计算 靶向区域SNP、InDel结果坐标还原 原始测序数据预处理 靶向区域测序数据分析 BSA混池测序数据分析 | 原始数据质控 原始数据统计 基因组大小评估(kmer分析) 基因组组装 组装结果评估(GC Depth) rRNA/tRNA 查找 基因预测 NT数据库注释 NR数据库注释 COG/KOG数据注释 GO数据库注释 KEGG数据库注释 Swiss-Prot数据库注释 |
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