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分析模块，输入转录本序列文件（fasta格式），以及基因ID与转录本ID关系文件。建立Bowtie/Bowtie2比对和RSEM/eXpress表达量计算所需的转录本参考索引文件。 ！！对于主要物种，软件团队从Ensemble网站上，下载并整理了对应物种的转录本序列文件，和基因ID与转录本ID关系文件。访问，VG软件官方网站：（http://www.vgenomics.cn/），进行下载。 输入： 1、fasta格式的转录本序列文件。 示例： >ENSDART00000164359 ATGAAGGTCGAGCTGTGCAGTTTTAGCGGATACAAAATCTATCCCGGTCACGGCCGGCGATACGCCAGGA TTGACGGAAAGGTTTTCCAGTTCCTCAATGCCAAATGTGAGTCTGCGTTTCTGTCCAAGAGGAACCCGAG …… >ENSDART00000166393 ATGGCGGATCCGGTGCTGCAGATGCCGAATCACAGAGGTCCGGGGGTTTTAGACCTGTCGGCTCGGGGTC TGCAGCGGCTGGAGCCTCAGCTGTTCCGCCCGGATTCACACACACACACCCTGATCCTGGATCAGAACCA …… 2、制表符分隔的基因ID与转录本ID关系表，文本文件。其中，第一列为：基因ID，第二列为：对应的转录本ID（转录本ID与fasta文件中的转录本序列ID一致）。 示例： ENSDARG00000000001 ENSDART00000000004 ENSDARG00000000001 ENSDART00000169788 ENSDARG00000000002 ENSDART00000000005 ENSDARG00000000018 ENSDART00000138183 ENSDARG00000000019 ENSDART00000124452 ENSDARG00000000068 ENSDART00000000069 ENSDARG00000000068 ENSDART00000136272 ENSDARG00000000069 ENSDART00000000070 ENSDARG00000000069 ENSDART00000134964 ENSDARG00000000069 ENSDART00000140891 输出： Bowtie/Bowtie2比对和RSEM/eXpress表达量计算所需的转录本参考索引文件（fasta格式）。 注：假设输出为trans_index.fasta，则索引由以下后缀的文件组成，包含： trans_index.fasta（fasta格式的转录本序列文件） trans_index.fasta.bowtie.1.ebwt trans_index.fasta.bowtie.2.ebwt trans_index.fasta.bowtie.3.ebwt trans_index.fasta.bowtie.4.ebwt trans_index.fasta.bowtie.ok trans_index.fasta.bowtie.rev.1.ebwt trans_index.fasta.bowtie.rev.2.ebwt trans_index.fasta.bowtie2.1.bt2 trans_index.fasta.bowtie2.2.bt2 trans_index.fasta.bowtie2.3.bt2 trans_index.fasta.bowtie2.4.bt2 trans_index.fasta.bowtie2.ok trans_index.fasta.bowtie2.rev.1.bt2 trans_index.fasta.bowtie2.rev.2.bt2 trans_index.fasta.gene_trans_map trans_index.fasta.RSEM.grp trans_index.fasta.RSEM.idx.fa trans_index.fasta.RSEM.n2g.idx.fa trans_index.fasta.RSEM.rsem.prepped.ok trans_index.fasta.RSEM.seq trans_index.fasta.RSEM.ti trans_index.fasta.RSEM.transcripts.fa 分析模块引用了Bowtie-0.12.7软件（http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml）。 分析模块引用了Bowtie2-2.1.0软件（http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml）。 分析模块引用了RSEM-1.2.26软件（http://deweylab.github.io/RSEM/）。 分析模块引用了eXpress-1.5.1软件（http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/）。 相关文献如下所示： Langmead B, Trapnell C, Pop M, Salzberg SL. Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome. Genome Biol 10:R25. Langmead B, Salzberg S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359. Bo Li and Colin N Dewey. RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome. BMC Bioinformatics201112:323. Roberts A and Pachter L (2012). Streaming fragment assignment for real-time analysis of sequencing experiments. Nature Methods. |