功能简介

分析模块，选择一个对应样品目录下的PE文库目录，重新运行质量控制过程，从而，得到该PE文库的优化序列。

示例

选择样品："MySample_2016"，选择文库："SBS-300"，设置相应的质控参数。执行分析模块，运行完毕后，将会生成新的优化序列。

执行该操作后，目录结构为:

data root directory

---- MySample_2016

---- SE_libs

---- PE_libs

---- SBS-300

---- raw

---- SBS-300_1.fq （R1端原始数据，保持不变）

---- SBS-300_2.fq （R2端原始数据，保持不变）

---- clean

---- SBS-300_1.fq （R1端重新运行QC后的优化数据，原数据被覆盖）

---- SBS-300_2.fq （R2端重新运行QC后的优化数据，原数据被覆盖）

说明

Trimmomatic是一个针对Illumina高通量测序的reads trim工具，支持paired-end（双末端）和single-end（单末端）数据。

Trimmomatic剪切和过滤，包括如下步骤：

ILLUMINACLIP: Cut adapter and other illumina-specific sequences from the read

SLIDINGWINDOW: Perform a sliding window trimming, cutting once the average quality within the window falls below a threshold

LEADING: Cut bases off the start of a read, if below a threshold quality

TRAILING: Cut bases off the end of a read, if below a threshold quality

MINLEN: Drop the read if it is below a specified length

CROP: Cut the read to a specified length

HEADCROP: Cut the specified number of bases from the start of the read

细菌基因组测序 ，PE-150bp测序，建议使用默认参数设置进行质量控制。

分析模块引用了 Trimmomatic v0.36 软件（http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic）。

相关文献如下所示

Bolger, A.M., Lohse, M., & Usadel, B. (2014). Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina Sequence Data. Bioinformatics, btu170.