功能简介

分析模块，在选定样品目录下创建一个PE文库目录，导入History Panel中的PE原始测序数据，利用Trimmomatic PE进行剪切和过滤。从而，得到该样品的优化序列。注意，文库名称由数字、字母、下划线组成，并且开头和结尾不能是下划线。如果文库目录已存在，则无法创建，并提示文库目录已存在错误。

示例

选择样品："MySample_2016"，输入文库名称："SBS"，选择History Panel中对应的原始测序数据，设置文库大小："300"。然后，执行分析模块，将会在样品目录 "MySample_2016" 包含的 "PE_libs" 目录下，创建一个名为"SBS-300"的目录，同时创建两个目录"raw"和"clean"，分别用于存放原始数据和优化数据。

执行该操作后，目录结构为:

data root directory

---- MySample_2016

---- SE_libs

---- PE_libs

---- SBS-300（'-'符号前面为文库名称，后面为文库大小）

---- raw

---- SBS-300_1.fq （R1端原始数据）

---- SBS-300_2.fq （R2端原始数据）

---- clean

---- SBS-300_1.fq （R1端经过剪切、过滤的优化数据）

---- SBS-300_2.fq （R2端经过剪切、过滤的优化数据）

说明

Trimmomatic是一个针对Illumina高通量测序的reads trim工具，支持paired-end（双末端）和single-end（单末端）数据。

Trimmomatic剪切和过滤，包括如下步骤：

ILLUMINACLIP: Cut adapter and other illumina-specific sequences from the read

SLIDINGWINDOW: Perform a sliding window trimming, cutting once the average quality within the window falls below a threshold

LEADING: Cut bases off the start of a read, if below a threshold quality

TRAILING: Cut bases off the end of a read, if below a threshold quality

MINLEN: Drop the read if it is below a specified length

CROP: Cut the read to a specified length

HEADCROP: Cut the specified number of bases from the start of the read

细菌基因组测序 ，PE-150bp测序，建议使用默认参数设置进行质量控制。

分析模块引用了 Trimmomatic v0.36 软件（http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic）。

相关文献如下所示

Bolger, A.M., Lohse, M., & Usadel, B. (2014). Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina Sequence Data. Bioinformatics, btu170.