分析模块，输入按坐标排序过的bam比对结果文件和bed区间信息文件，统计bed文件中，目标区间内比对结果的覆盖度信息。

关于SAM/BAM格式的介绍，参考分析模块 "Map with BWA" 的帮助文档，或者参考：（https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf）。

关于BED格式的介绍，参考：（http://asia.ensembl.org/info/website/upload/bed.html）。

输入：

1、坐标排序过的bam比对结果文件。

2、bed区间信息文件。

示例：

chr1  2000         4000

chr2  13500       15000

chr3  23000       25000

输出：

bed文件内，每个区间内比对结果的覆盖度信息。

chr1  2000         4000         4251         2000         2000         1.0000000

chr2  13500       15000       3296         1500         1500         1.0000000

chr3  23000       25000       4365         2000         2000         1.0000000

注：

追加的第四列为，bed区间内比对上的reads总数

追加的第五列为，bed区间内，被覆盖到的碱基总数

追加的第六列为，bed区间长度

追加的第七列为，bed区间覆盖率，计算方式为：第五列的值除以第六列的值。

分析模块引用了bedtools v2-2.20.1软件中的coverage命令进行覆盖度信息的统计（http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/）。

相关文献如下所示：

Quinlan AR and Hall IM, 2010. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. Bioinformatics. 26, 6, pp. 841–842.