下图展示了BSA分析流程，输入两个样品的SNP变异信息VCF文件，可通过比对和变异检测分析流程获得。接着，计算显性性状混池和隐性性状混池的SNP-Index信息，对混池间SNP-Index的差值进行LOESS回归，挑选bootstrap后显著差异的区间作为目标性状区域。最后，对候选区间的变异信息进行注释。