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分析模块，输入差异表达分析的结果文件，或其他tabular格式文件（制表符分隔的文本文件）。其中，输入文件的第一列必须为基因名。分析模块，将在输入文件的列尾追加对应基因的KEGG注释信息。 ！！对于主要物种，软件团队从KEGG网站上，下载并整理了对应物种的KEGG注释信息。访问，VG软件官方网站：（http://www.vgenomics.cn/），进行下载。 输入： 1、tabular格式文件，其中，第一列必须为基因名（如，差异表达分析结果文件）。 示例： logFC logCPM PValue FDR BM590_A1245 6.15272596528251 10.165439565976 2.01452582830612e-13 6.76074867979534e-10 BM590_A0443 6.388071970219 8.77010041474787 5.5393222963017e-13 8.81028214004988e-10 BM590_A1217 5.79192615218837 11.4356964927694 8.31925670547754e-13 8.81028214004988e-10 BM590_A0295 5.83585380417396 10.5748693879181 1.05009322289033e-12 8.81028214004988e-10 BM590_A0086 5.69396789206391 12.1148088822143 1.32578171478056e-12 8.89864686960715e-10 …… 2、对应的KEGG注释信息文件，其中，第一列为基因名，第二列为对应的K号。Kddddd表示，在所有同源物种中具有相似结构和功能的一类同源蛋白。如K04456表示丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。 示例： BM590_A0001 K02313 BM590_A0003 K03629 BM590_A0005 K12972 BM590_A0006 K13896 BM590_A0007 K13895 …… 输出： 列尾追加对应基因KEGG注释信息的结果文件。 示例： logFC logCPM PValue FDR KEGG_Anno BM590_A1245 6.15272596528251 10.165439565976 2.01452582830612e-13 6.76074867979534e-10 - BM590_A0443 6.388071970219 8.77010041474787 5.5393222963017e-13 8.81028214004988e-10 K03704 BM590_A1217 5.79192615218837 11.4356964927694 8.31925670547754e-13 8.81028214004988e-10 - BM590_A0295 5.83585380417396 10.5748693879181 1.05009322289033e-12 8.81028214004988e-10 K01430(ko00791;Atrazine degradation|ko00230;Purine metabolism|ko00220;Arginine biosynthesis) BM590_A0086 5.69396789206391 12.1148088822143 1.32578171478056e-12 8.89864686960715e-10 K06890 注： 追加的列，Kddddd表示，在所有同源物种中具有相似结构和功能的一类同源蛋白，与输入的KEGG注释信息文件一致。如果具有代谢通路信息，通路信息以“ | ”符号分隔。koddddd表示，代谢通路名称，表示一个特定的生物路径。“ ; ”符号后的文本为对应代谢通路的描述。如果，对应的KEGG注释信息不存在，则用“ - ”符号代替。 分析模块引用了KOBAS（v2.0-20150126）软件（http://kobas.cbi.pku.edu.cn）。 相关文献如下所示： Xie, C., Mao, X., Huang, J., Ding, Y., Wu, J., Dong, S., Kong, L., Gao, G., Li, C. and Wei, L. (2011) KOBAS 2.0: a web server for annotation and identification of enriched pathways and diseases. Nucleic Acids Res, 39, W316-322. KEGG 库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes 数据库)：京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能、联系基因组信息和功能信息的知识库。利用KEGG数据库，可将基因按照参与的pathway通路或行使的功能分类。 ！！更新KOBAS程序后台的KEGG数据库，通过KOBAS官网链接（http://kobas.cbi.pku.edu.cn/），下载最新的ko.db.gz文件，解压后覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。
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