运用统计学方法，统计每个测序循环下所有reads的碱基分布情况。分析模块通过生成碱基分布叠层直方图，直观地反应测序reads的碱基分布情况。

常规方式测序（如转录组，基因组）的前几个循环，A、C、G、T的丰度有所波动，后面趋于稳定。一般情况下A与T相等，C与G相等，各碱基所含百分比会因物种的差异而不同，未知碱基所占百分比越低，说明测序文库质量越好。

输入：

测序结果统计报告表，由分析模块 "FASTQ Summary Statistics" 生成。

示例：

column     count        min  max sum  mean        Q1    med Q3    IQR  lW    rW    A_Count  C_Count  G_Count  T_Count  N_Count         Max_count

1       31892       15     35     1095136  34.3388937665        35.0 35.0 35.0 0.0    35     35     0       31891       1       0       0       31892

2       31892       15     35     1097903  34.4256553368        35.0 35.0 35.0 0.0    35     35     0       1       0       31891       0       31892

3       31892       15     35     1101478  34.5377524144        35.0 35.0 35.0 0.0    35     35     0       1       0       31891       0       31892

4       31892       15     35     1092792  34.2653957105        35.0 35.0 35.0 0.0    35     35     1       0       31891       0       0       31892

5       31892       15     35     1111570  34.8541954095        35.0 35.0 35.0 0.0    35     35     1       0       0       31891       0       31892

6       31892       16     40     1234032  38.6940925624        39.0 39.0 40.0 1.0    38     40     31891       0       0       1       0       31892

…..

输出：

测序数据碱基分布叠层直方图。

示例：

下图展示了，在测序reads 5' 端，加上GATCT barcode的情况。

下图展示了，在测序reads结果中，大部分的reads具有 TGATA TCGTA TTGAT GACTG AA...的序列值（在叠层直方图中比例高）。

说明测序结果具有序列偏向性，常见于扩增子测序，或大比例的测序reads有接头污染。

下图展示了，随着测序循环数的增加，未知碱基的含量随之增加，说明测序存在质量问题。

下图展示了，大部分情况下，叠层直方图看起来是随机的。

分析模块引用了FASTX-Toolkit v0.0.13中的fastx_nucleotide_distribution_graph.sh 脚本进行叠层直方图的绘制（http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/）。