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分析模块，输入差异基因列表文件、全部基因列表文件和GO注释信息文件。差异基因作为foreground，所有基因作为background，进行差异基因GO富集分析，输出富集结果。 分析模块，使用软件goatools（https://github.com/tanghaibao/goatools）进行富集分析，使用方法为Fisher精确检验。为控制计算的假阳性率，使用4种多重检验方法(Bonferroni, Holm, Sidak 和false discovery rate) 对p值进行了校正，通常情况下，当经过校正后的p值≤0.05时，认为此GO功能存在显著富集情况。 ！！对于主要物种，软件团队从Ensemble网站上，下载并整理了对应物种的GO注释信息。访问，VG软件官方网站：（http://www.vgenomics.cn/），进行下载。 输入： 1、差异基因列表文件，可由分析模块“Batch Mode: Retrieve Diff Genes list”获得。 示例： BM590_B0190 BM590_A0615 BM590_B0191 BM590_B0407 BM590_B0166 BM590_A0618 …… 2、全部基因列表文件，可由分析模块“Fetch all genes(row names) list from matrix”通过原始的FPKM矩阵或Count矩阵获得。 示例： BM590_A0001 BM590_A0002 BM590_A0003 BM590_A0004 BM590_A0005 BM590_A0006 BM590_A0007 BM590_A0008 BM590_A0009 …… 3、对应的GO注释信息文件，其中，第一列为基因名，第二列为对应的GO注释结果（以“ ; ”符号分隔）。 示例： BM590_A0001 GO:0003688;GO:0005524;GO:0006275;GO:0006270;GO:0005737 BM590_A0002 GO:0003677;GO:0006260;GO:0055114;GO:0005737;GO:0003887 BM590_A0003 GO:0003697;GO:0006281;GO:0005524;GO:0006260;GO:0009432;GO:0005737 BM590_A0004 GO:0008152;GO:0003824 BM590_A0005 GO:0051287;GO:0055114 …… 输出： 差异基因GO富集分析结果文件。 示例： id enrichment description ratio_in_study ratio_in_pop p_uncorrected p_bonferroni p_holm p_sidak p_fdr namespace genes_in_study GO:0019843 e rRNA binding 23/342 38/3357 2.62e-07 0.000774 0.000774 0.000755 n.a. molecular_function BM590_A2173;BM590_A1223;BM590_A1221;…… GO:0043228 e non-membrane-bounded organelle 28/342 67/3357 2.86e-07 0.000847 0.000847 0.000826 n.a. cellular_component BM590_A2173;BM590_A1223;BM590_A1221;…… GO:0043043 e peptide biosynthetic process 34/342 67/3357 2.86e-07 0.000847 0.000847 0.000826 n.a. biological_process BM590_A2173;…… …… GO:0046394 p carboxylic acid biosynthetic process 1/342 94/3357 0.000775 1 1 1 n.a. biological_process BM590_B0462 …… 注： 其中，每一列的含义如下所示： l id，Gene Ontology数据库中唯一的标号信息。 l enrichment，“ e ”表示显著富集（enriched），ratio_in_study显著高于ratio_in_pop。“ p ”表示显著不富集（purified），ratio_in_study显著低于ratio_in_pop。通常情况下，只有显著富集的结果才有生物学意义（需要过滤显著不富集的结果）。 l description，GO功能描述。 l ratio_in_study ，该GO Term中，富集到该GO Term的差异基因数目与差异基因总数的比值（foreground）。 l ratio_in_pop ，该GO Term中，富集到该GO Term的基因数目与全部基因总数的比值（background）。 l p_uncorrected，Fisher精确检验的p值，检验ratio_in_study的值与ratio_in_pop的值是否存在显著差异。 l p_bonferroni，bonferroni方法校正后的p值。 l p_holm，holm方法校正后的p值。 l p_sidak，sidak方法校正后的p值。 l p_fdr ，fdr方法校正后的p值。 l namespace，GO从属的功能三大类（分子功能、细胞组成、生物过程）。 l genes_in_study，富集到该GO Term的差异基因列表，以“ ; ”符号分隔。 分析模块引用了goatools（v0.5.7）软件（https://github.com/tanghaibao/goatools/）。 相关文献如下所示： Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628. GO(Gene Ontology) 是基因本体论联合会建立的数据库，适用于各物种，对基因和蛋白功能进行限定和描述。利用 GO 数据库，可以将基因按照它们参与的生物学过程、构成细胞的组分，实现的分子功能等进行分类。因此GO注释更加便于我们理解基因背后所代表的生物学意义。 ！！更新GO结构关系和描述信息数据库，通过Gene Ontology官网链接（http://geneontology.org/ontology/go-basic.obo），下载最新的go-basic.obo文件，覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。 |